Igaunijas – Latvijas Programma, kas tiek līdzfinansēta no Eiropas Reģionālās attīstības fonda, Latvijas un Igaunijas valsts budžeta, aptver sekojošas teritorijas: Latvijā - Alūksnes, Cēsu, Gulbenes, Kuldīgas, Liepājas, Limbažu, Madonas, Ogres, Rīgas, Saldus, Talsu, Tukuma, Valkas, Valmieras un Ventspils rajonus, savukārt Igaunijā - Hījumā, Jegevas, Lēnes, Pilvas, Pērnavas, Tartu, Sāres, Valgas, Vīlandes un Veru apriņķus.

Programma ir atvērta projektu pieteikumu iesniegšanai, un tās procedūra paredz nepārtrauktu projektu pieteikumu iesniegšanas principu. Līdz ar to Igaunijas-Latvijas programmā netiek piemērots tā saucamais projektu uzsaukumu princips. Lēmumus par projektu finansēšanu pieņem Uzraudzības komiteja, kuras sastāvā ir pārstāvji no Igaunijas un Latvijas, lēmumu par iesniegtajiem projektu pieteikumiem pieņems vismaz 3 reizes gadā. Apvienotais tehniskais sekretariāts, kas atrodas Tartu, Igaunijā, nodrošina programmas ieviešanu ikdienā. Apvienotais tehniskais sekretariāts ir atbildīgs par projektu pieteikumu pieņemšanu, reģistrāciju un apstrādi, kā arī sniedz padomus un informāciju projektu iesniedzējiem par Programmas mērķi, prioritātēm, atbalsta virzieniem un vērtēšanas kritērijiem. 

Programma līdzfinansē tādus sadarbības projektus, kuru iesniedzēji ir publiskas iestādes, publiskām iestādēm līdzvērtīgas institūcijas, bezpeļņas organizācijas un privātie uzņēmumi, kas Programmas teritorijā veicina ilgtspējīgu attīstību un ekonomisko konkurētspēju. Finansējuma saņemšanai projektā var plānot tādas aktivitātes kā publisko pakalpojumu vadība, uzņēmējdarbības attīstība un dzīves vides kvalitātes uzlabošana, kā arī kopēji kultūras projekti, tūrisma mārketings u.c.